הלוגו של בית הספר בודוקאן מורכב משלושה אלמנטים: גג, סימניה יפנית ושמש.

הגג מאחד תחתיו את אמנויות הלחימה ומסמל את החברותא אליה שואף בית הספר. הגג נראה כהר נישא אשר מאחוריו זורחת השמש. יש שיראו בו את הר פוג'י, אחד מסימליה של יפן.

במרכז מופיע הקַנגִ'י (סימניה יפנית) "סוּמִי" 澄 אשר משמעותו היא נקיון, טוהר או צלילוּת.
השמש מסמלת את יפן, ארץ השמש העולה.
דמות של הר - ציור ההר נראה כמו ווריאציה של הקנג'י של אדם. 人
ובתוך ההר או האדם יש את הקנג'י 澄 שמשמעותו היא טוהר או צלילוּת.
לסיכום: הלוגו מסמל בצורה יפהפייה אדם השואף לזכך את פנימיותו, שואף לטוהר מידות והוא נעזר לשם כך בשמש העולה - אמנויות הלחימה של יפן.